PCT国际申请的费用主要包括三大块：一是传送费（中国国家知识产权局收取，约500元人民币）；二是国际申请费（WIPO国际局收取，约1300-1500瑞士法郎，具体随汇率波动）；三是检索费（中国局作为国际检索单位收取，约1500-2100元人民币）。此外，如果申请文件超过30页还需缴纳超页费。所有费用应在提交申请时或自申请日起1个月内缴纳。选择补充国际初步审查时，还需额外缴纳初步审查费和手续费。费用可通过银行汇款至WIPO或中国国家知识产权局指定的账户。
根据《专利合作条约》（PCT）规定，PCT国际申请要求在先申请优先权的，应当在首次提出专利申请之日起十二个月内提交PCT国际申请。该12个月优先权期限为法定期限，不可延长。PCT申请可在12个月优先权期限内提交，以确保在多个国家同时保留首次申请日。PCT申请提交后，进入国际阶段（包括国际检索和国际初步审查），之后在规定期限内进入各指定国家阶段。如果错过了12个月的优先权期限，在某些情况下可以请求恢复优先权（需在14个月内并说明理由）。
根据《专利合作条约》（PCT）及各国专利法规定，PCT国际申请进入国家阶段的期限通常为优先权日起30个月（部分国家为31个月）。中国作为PCT缔约国，根据《专利法实施细则》规定，PCT国际申请进入中国国家阶段的期限为自优先权日起30个月。需要在期限内提交进入声明、缴纳费用、提交申请文件中文译文等。未在规定期限内进入国家阶段的，PCT国际申请在相应国家将失去效力。部分国家允许在期限届满后办理恢复手续，但需满足恢复条件和额外费用。
PCT申请进入国家阶段的标准期限是自优先权日起30个月（部分国家为31个月），申请人需要在该期限届满前完成进入目标国家的各项手续。具体要求包括：向各目标国家专利局提交申请文件的翻译件（译成该国官方语言）、缴纳国家阶段的申请费和审查费、根据需要提交优先权证明文件等。进入美国时还需提交信息披露声明（IDS）。中国作为PCT受理国，进入中国国家阶段的期限也是30个月。如果超过了期限，大部分国家还有2-12个月的宽限期（需缴纳宽限费），少数国家不允许恢复。
PCT国际阶段中有两个主要修改机会。一是根据PCT第19条的修改：在收到国际检索报告后，申请人有一次机会修改权利要求书，修改必须在国际检索报告发出之日起2个月内或优先权日起16个月内（以晚到者为准）提交。二是根据PCT第34条的修改：如果申请人要求了国际初步审查，可以在初步审查期间修改说明书、权利要求书和附图。此外，进入国家阶段后，各国家局允许根据本国法进行进一步修改（美国、欧洲、中国、日本等均有各自的规定）。国际阶段的修改不能超出原始申请文件记载的范围（即不能加入新内容），这是所有专利体系的基本原则。
PCT路径与巴黎公约路径的主要区别在于时间和决策节点。巴黎公约路径要求在优先权日起12个月内直接在目标国家提交申请，时间紧迫，申请人需要在短时间内做出进入哪些国家的决定并准备好翻译文件。PCT路径则将这一期限延长至30或31个月，多出18个月的决策时间，让申请人可以：先通过国际检索报告评估授权前景、有更充分的时间进行商业评估和筹集资金、在一份申请中统一管理前期手续。PCT路径的成本也相对分散，前期仅需支付国际阶段的费用，国家阶段的费用在30个月后才发生。当然，如果已经确定目标国家且时间充裕，巴黎公约路径可能更简洁。